Bebek sahibi olamayan çiftlerin başvurduğu yöntem olan tüp bebek tedavisinde kullanılan ilaçlar, tedavide büyük önem taşımaktadır. Tüp bebek tedavisinde ilaç desteğinin alınma sebepleri arasında anne adayının yumurta kalitesi ve hormon değerleri göz önünde bulundurulur. Kullanılan ilaçlarda genel amaç yumurtalık kalitesini yükseltmek ve verim almaktır. Anne adayına uygulanan hormon ilaçları, yaş, hormon seviyesi ve yumurtalık rezervine göre  dozu belirlenerek uygulanır. Tüp bebek tedavisinde ortaya çıkan ilaçların yan etkileri ciddi etkiler olmamakla beraber, kısa ve geçicidir.

İlaçların en belirgin yan etkilerinden biri anne adayının beslenme düzensizliği nedeni ile iştahsızlık veya kilo alabilme durumudur. Ancak bu durum kalıcı bir durum değildir. Beslenme şekli düzene sokulup, aşırıya kaçmaz ise geçici bir yan etki olarak kalır. Tüp bebek tedavisinde yumurtalıklardan daha fazla verim alabilmek için kullanılan yumurta geliştirici ilaçlar bazı istenilmeyen durumlara yol açabilir. Yumurtaların içinde bulunduğu fölikül keselerinin aşırı büyümesi, karın şişliği oluşması, mide bulantıları ve kusma durumları ilaçların yan etkisi olarak ortaya çıkabilir.

Tedavi de kullanılan ilaçların yan etkileri genellikle yumurta toplama işlemi yapıldıktan 4-5 gün sonra ortaya çıkar. Tedavi süresi boyunca cilt altına yapılan ilaçlar sonrası deride kızarma, kabarma ve ağrılar hissedilebilir.  Tüp bebek tedavisinde kullanılan ilaçların yan etkilerini genel olarak sıralayacak olursak kızarıklık, ürtiker, baş ağrısı, uyku bozuklukları, vajinada meydana gelen kuruluklar, aniden vücuda sıcak basması ve ruh halinde meydana gelen değişiklikler gibi etkiler ortaya çıkmaktadır. Bu etkiler ilaç kullanmayı bıraktığınız zaman ortadan kalkarlar.
Dünya Sağlık Örgütü tarafından yapılan araştırmalara göre, bu güne kadar tüp bebek tedavisinde kullanılan herhangi bir ilacın bilimsel olarak kalıcı bir yan etkisi saptanmamıştır.